《波普先生的企鵝》是一部以喜劇和家庭為主題的電影。主人公波普先生是一個(gè)工作狂，他在公司非常忙碌，但卻忽略了與家人相處的時(shí)間。然而，當他積極爭取一位合作伙伴時(shí)，他的前妻阿曼達也開(kāi)始了新的戀情。在一個(gè)冬天，波普先生收到了一個(gè)快遞箱，里面裝著(zhù)一只活企鵝。這個(gè)意外的繼承讓波普先生的生活發(fā)生了巨大的變化，因為他不僅收養了這只企鵝，還接連收到了其他五只企鵝。企鵝們給波普先生的有規律的生活和工作帶來(lái)了一系列混亂，但他的小兒子卻非常喜歡這些企鵝。然而，在紐約這樣的大城市里養企鵝并不容易。這部電影改編自理查德和佛羅倫薩·阿特沃特共同創(chuàng )作的同名兒童小說(shuō)，故事充滿(mǎn)了溫馨和幽默。

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波普先生的爸爸是帆船愛(ài)好者，成日周游世界很少回家。波普老爸回家總是帶著(zhù)紀念品帶小波普和波普媽去一家餐廳歡聚。父子倆唯一的聯(lián)系是通過(guò)電臺相互呼叫。
波普長(cháng)大成人在一家地產(chǎn)公司就職，業(yè)績(jì)傲人，為了坐上董事會(huì )交椅，老股東們?yōu)殡y波普，要他拿下一家餐廳的地。偏巧餐廳老板娘性格偏執，必須找到懂得餐廳價(jià)值的人才肯出手。同時(shí)波普沒(méi)有走出家庭陰影的套式，與長(cháng)期受冷落的妻子離婚，一雙兒女也歸妻子撫養。倆小的也和波普無(wú)甚溝通。
波普老爸一命嗚呼，托船員寄給波普最后一件禮物，不想竟是一只活企鵝。波普急忙聯(lián)系船員，結果陰差陽(yáng)錯，顫抖的訊號讓船員以為波普嫌一只太少。于是，一只變成了6只。波普無(wú)奈求助于各種機構弄走企鵝。沒(méi)想到兒子女兒特別喜歡企鵝，在兒子生日那天，全家和企鵝玩得不亦樂(lè )乎，波普只好與動(dòng)物園管理員出爾反爾留下企鵝。
家庭與事業(yè)的矛盾讓波普焦頭爛額，企鵝一刻也不想離開(kāi)波普導致波普洽談生意失敗，還讓人覺(jué)得他是個(gè)不負責任的人。隨著(zhù)企鵝產(chǎn)下蛋寶寶，波普的天平傾向了家庭。他足不出戶(hù)堅守企鵝蛋，最后因為條件所限，有一只沒(méi)孵出來(lái)。
處心積慮的動(dòng)物園管理員乘機勸說(shuō)波普動(dòng)物園才是企鵝更好的歸宿，而且企鵝不諳人事，誰(shuí)有魚(yú)就跟誰(shuí)跑，沒(méi)有感情可言。傷心的波普獻出企鵝，重新振作開(kāi)工。
誰(shuí)知企鵝的離去，讓前妻和兒女傷心不已，家庭的紐帶又一次崩潰。波普也無(wú)可奈何。此時(shí)，波普無(wú)意中發(fā)現了老爸送企鵝時(shí)附上的一封信，茅塞頓開(kāi)。他急忙拋下收購重要關(guān)頭，載著(zhù)家人去動(dòng)物園要回企鵝。
沒(méi)想到動(dòng)物園長(cháng)收養企鵝是為了賣(mài)個(gè)好價(jià)錢(qián)去換老虎蜥蜴。經(jīng)過(guò)一番斗智斗勇，企鵝搶回來(lái)了，回頭再去會(huì )場(chǎng)。動(dòng)物園長(cháng)一路緊追還找來(lái)了警察，說(shuō)波普拐帶企鵝。在沙丁魚(yú)的誘惑和波普先生誠懇的愛(ài)憐眼神中，企鵝們投向了波普。
本以為無(wú)力回天，可老板娘卻認出了波普就是總坐在窗口那小男孩，要把餐廳轉讓給他。深受感動(dòng)的波普在經(jīng)歷了這場(chǎng)愛(ài)的教育后，沒(méi)有把餐廳產(chǎn)權交給利益熏心的董事會(huì )，而是選擇繼續讓餐廳營(yíng)業(yè)。
波普一家護送企鵝來(lái)到南極，看著(zhù)企鵝群自由自在地生活，波普一家無(wú)限歡暢。此時(shí)，原來(lái)那只啞蛋的媽媽?zhuān)簌Z“船長(cháng)”又產(chǎn)下一枚蛋，波普將之取名為“禿鷹”——老波普的電臺別號。